多数棚室由十长期进行多茬次的栽培与利用，尤其是茄果类、瓜类、豆类蔬菜的长期连作以及大棚覆盖阻隔，土壤雨水淋溶少，土壤污染严重，肥力下降，影响蔬菜产量的提高，品质下降。

设施栽培中土壤连作障碍的主要表现是土壤次生盐渍化的问题。

此外，大棚长期连作的结果还为病害的蔓延创造了条件，近几年来大棚蔬菜病虫害的种类增加，发生的频繁，不少地方蔬菜生理性病害和根结线虫也多发生，严重影响棚菜的生产。如黄瓜霜霉病、辣椒绵疫病、黄瓜根结线虫病等。