大棚蔬菜栽培中，有的地区仅考虑效益，实行不合理的多茬次栽培，忽视了对地力的培养，导致了土壤劣化、肥力下降，病害发生严重;有的地区多种蔬菜间作套种频繁，相应的管理跟不上，影响主作物的生长，结果早熟栽培不早收，增产不增效;新菜区育苗技术落后与早熟栽培不配套;施肥不当，如使用挥发性强的氮肥品种、复合肥使用不合理、氮素大量流失等原因造成蔬菜的“肥害”与“氨中毒”。

灌溉不合理，大部分仍然是沟灌或畦灌，既浪费水源、电力，又不利十蔬菜的生长和地力的培养;目前我国的大棚栽培蔬菜大多为人工操作，大棚栽培的机械化有待研究解决。